宏转录组万博意甲是从整体水平上研究某一特定环境,特定时期群体生物全部基因组转录情况以及转录调控规律。结合各种理化指标的检测,宏转录组可研究多样本间理化指标的差异,时空上不同微生物群落间活跃成分组成的差异分析。与宏基因组相比,宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化,更好地挖掘潜在的新基因,揭示特定环境因子影响下菌种的适应性以及基因表达的可能机制。

技术路线

技术参数

样品要求
万博意甲策略
项目周期
样品类型:RNA
样品总量:≥5ug
样品浓度:≥80ng/ul
 
万博意甲平台:HiSeq2500 150PE
推荐数据量:5G/10G
60-70个工作日
(标准分析)

 

相关案例

同质环境中硅藻间资源划分的宏转录组分析

生态系统的稳定性和初级生产力一直被认为与初级生产者的多样性有关,而海洋浮游植物进行着全球一半的初级生产。研究人员以5个海洋表面水体样品为材料,利用宏转录组万博意甲技术对同质环境中硅藻间的资源划分进行分析。分析表明,不同硅藻在资源利用能力方面有显著差异,可避免直接竞争;利用生物信息学方法对从生物体的代谢组成中偏离出来的资源应答(RR)基因进行鉴定和种特异性比较,RR基因集的变异凸显了这些物种在相同环境下不同的转录反应,这表明资源划分促进浮游植物产生了巨大的多样性。

图1 基于RNA序列的藻类分类

图2 纳拉甘西特湾硅藻间RR基因划分的演变图示

参考文献

Alexander H, Jenkins B D, Rynearson T A, et al. Metatranscriptome analyses indicate resource partitioning between diatoms in the field[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences. 2015, 112(17): E2182-E2190.