环形RNA(circRNA)分子是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、环形结构的非编码RNA分子,很难与其它RNA区分开,扩增或片段化会破坏RNA环。目前已有很多研究表明环形RNA分子具有调控基因表达的功能。通过高通量万博意甲方法筛选环状RNA是最有效、性价比最高的方法。

技术路线

技术参数

样品要求
万博意甲策略
项目周期
样品类型:RNA
样品总量:≥20ug
样品浓度:≥100ng/ul
万博意甲平台:HiSeq PE150
万博意甲文库:链特异性RNA文库
推荐数据量:
≥10Gb/样本clean data(环状RNA建库策略)
≥20Gb/样本clean data(普通lncRNA建库策略)
70个工作日
(标准分析)

相关案例

哺乳动物大脑中环状RNA的表达分析

环状RNA是mRNA剪接的特殊产物,是一类具有潜在重要调控功能的RNA。研究人员以P19胚胎癌EC细胞、人类神经母细胞瘤SH-SY5Y细胞、大鼠胚胎的原前脑神经元细胞以及大鼠突触神经小体和新生鼠大脑不同部分的组织为材料,利用circRNA万博意甲技术对哺乳动物脑中的circRNA进行了分析。结果表明,circRNA在哺乳动物脑中的存在很丰富;在神经发育的不同阶段,circRNA在中枢神经系统不同区域表达差异性显著,在神经细胞分化过程中上调表达,且与它们的mRNA剪接体差异表达;ADR1敲除实验结果表明,ADR1抑制了相关circRNA的生成和表达。

图1 circRNA在小鼠神经分化过程中差异表达

图2 小鼠和人circRNA保守性分析

参考文献

[1] Rybak-Wolf A, Stottmeister C, Glazar P, et al. Circular RNAs in the mammalian brain are highly abundant, conserved, and dynamically expressed[J]. Molecular cell, 2015, 58(5): 870-885.