扩增子万博意甲是对特定长度的 PCR 产物或者捕获片段进行万博意甲,主要包括 16S rDNA 万博意甲、18S rDNA 万博意甲、ITS 万博意甲及目标区域扩增子万博意甲等。采用 Illumina 高通量万博意甲平台,测定 16S/18S /ITS 某个高变区域的序列,来反映环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面的物种差异,对研究口腔、皮肤和肠道粪便等环境中的微生物组成有重要的指导作用。

技术路线

样品收集 → 基因组DNA提取和质检 → PCR扩增与产物扩增 → 文库构建及质检 → Miseq上机万博意甲 → 原始下机数据 → 生物信息分析

技术参数

样本要求
万博意甲策略
万博意甲指标
项目周期
样本类型:DNA或PCR产物
样本总量:DNA≥200ng;PCR产物≥300ng
样本浓度:DNA≥20ng/ul;PCR产物≥30ng/ul
MiSeq PE300

3万/5万/10万条Reads

40个工作日

 

生信标准分析内容

标准数据分析

Reads序列拼接  
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物种分类注释
物种丰度热图

OTU聚类
Alpha 多样性分析
Beta 多样性分析
差异微生物筛选

个性化分析 请与生物信息分析人员协商与沟通

 

相关案例

利用illumina平台,16S rDNA V4区万博意甲研究低纤维饮食对小鼠肠道微生物的影响

西方人群相比传统生活方式下的人群,具有较低的肠道微生物群落多样性,膳食纤维是肠道微生物主要的能量来源。研究人员选取10只出生4周的无菌小鼠移植人粪便微生物,分成实验组(喂以低纤维食物7周、喂以高纤维食物6周)与对照组喂(始终给予高纤维食物),然后对研究对象的粪便微生物的16S rDNA V4区利用illumina MiSeq 平台进行万博意甲。结果证明,低纤维饮食的小鼠肠道微生物群落丰富度较低,转换为高纤维饮食后,小鼠的肠道菌群得到部分恢复,证实了饮食可以改变肠道微生物菌群;低纤维饮食小鼠后代肠道细菌多样性逐渐下降,饮食中纤维剥除后会使得第四代后代机体中的细菌种类数几乎完全消失;粪便移植实验表明移植失去的微生物菌群加上摄入富含可供菌群使用的碳水化合物可以恢复肠道菌群的多样性。这对于开发新型膳食疗法来有效改善机体肠道微生物群落,进而改善机体健康提供参考资料。

图1:实验组与对照组小鼠后代肠道菌群Heatmap分析

 

图2: 粪便移植(FMT)小鼠肠道菌群Heatmap分析

参考文献:

Sonnenburg E D, Smits S A, Tikhonov M, et al. Diet-induced extinctions in the gut microbiota compound over generations[J]. Nature, 2016, 529(7585): 212-215.