新一代高通量技术大大降低了基因组万博意甲的成本,缩短了研究周期。根据参考基因组的有无以及生信分析策略不同,真菌基因组万博意甲分为真菌de novo和真菌重万博意甲。真菌de novo 基于组装精细程度,分为真菌框架图和真菌精细图。

技术路线

基因组DNA → 文库构建与质检 → 文库定量上机万博意甲 → 原始数据质控过滤 → 高质量数据

技术参数

样品要求
服务类型
文库类型
万博意甲策略
指标
项目周期
DNA总量≥5ug
DNA总量≥30ug
DNA总量≥5ug
真菌框架图
500bp小片段文库
HiSeq PE150  
≥100X
50个工作日
真菌精细图
小片段文库与大片段文库结合
HiSeq PE150
≥200X
Scaffold N50≥300K
60个工作日
真菌重万博意甲
500bp小片段文库
HiSeq PE100 
≥100X
40个工作日

生信分析内容

基本数据处理>
基因注释>
比较基因组分析>
  • 万博意甲数据的预处理及质量评估:
  • 包括去接头,过滤低质量序列,去除污染序列等。
  • 基因组序列拼接组装:
  •    Clean reads拼装,拼装效果评估(Congtig N50、  
    Scaffold N50、基因组覆盖度及GC%)等。
  • 基因预测
  • 基因注释
  • ncRNA注释
  • GO分类
  • KEGG通路分析等
  • 共线性比较
  • 同源基因分析
  • 基因进化分析
  • SNP/InDel/CNV等检测
  •  
    高级或者个性化分析    请老师与分析人员沟通与协商。

    相关案例:重万博意甲解析裂殖酵母遗传进化史

    裂殖酵母是真核生物研究中的重要模式生物,但对其进化历史缺乏系统的研究。研究人员汇集了100年内收集到的161株野生裂殖酵母,通过构建小片段文库,基于PE54/PE100万博意甲策略对它们进行了重万博意甲。研究结果:PCA分析表明裂殖酵母的变异基因型和采样的地理位置不存在强相关性;基于SNP的进化分析以及结合采样的时间,推测出酵母菌驯化起源时间大致和希腊文明、汉文明等古文明时期相吻合;全基因组关联分析发现89个性状与具体的变异信息存在显著关联。文章提示我们:大规模真菌样本的重万博意甲和进化研究,是了解真菌进化史、传播规律,解析真菌的致病机制,分析真菌基因型与表型间关联的有效手段。

    图1 真菌进化模型(a)、采样时间与进化距离的关系(b)及可能的起源时间(c)

    图2 性状关联位点显著性指标(上、中)及其在染色体上的分布(下)

    参考文献:

    Jeffares D C, Rallis C, Rieux A, et al. The genomic and phenotypic diversity of Schizosaccharomyces pombe[J]. Nature genetics, 2015, 47(3): 235-241.