基因组de novo万博意甲也叫基因组从头万博意甲,是指不依赖任何基因组序列信息即可对某个物种基因组进行万博意甲,然后利用生物信息学方法对万博意甲序列进行组装和拼接,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。目前广泛应用于从头解析未知物种的基因组序列信息,这将为后续功能基因挖掘、调控代谢网络构建、物种进化分析等奠定基础。

技术路线

技术参数

样品要求
万博意甲策略
项目周期
样品类型:DNA
样品总量:≥500ug
样品浓度:50ng/ul
万博意甲平台:HiSeq 2500
万博意甲文库:180bp/300bp/500bp/1kb/2kb/5kb/10kb
万博意甲深度:100×~200×
根据具体基因组大小和重复序列情况而定,一般12~15个月

相关案例

普通鲤鱼Cyprinus carpio的基因组序列和遗传多样性

鲤鱼是世界上重要的淡水鱼类。研究人员以驯化松浦鲤鱼的纯合双单倍体无性系为材料,基于Roche 454、Illumina Hiseq和SOLiD万博意甲平台,构建小片段文库(250 bp、300 bp、500 bp),大片段文库(2 kb、3 kb、5 kb、8 kb),利用全基因组万博意甲对鲤鱼基因组进行了de novo拼接组装。研究结果表明,鲤鱼基因组大小约为1.83G,GC含量37%,组装scaffold总长1.69G;contigN50=68.4kb,scaffoldN50= 1.0Mb;鉴定3470高质量SNPs和773个微卫星标记,构建50个连锁群,遗传距离49467cM,物理覆盖度~875Mb;获得52610个蛋白编码基因,非蛋白编码基因包括1012个rRNA,3622个tRNA和914个microRNA基因。

图1 Cyprinus carpio的染色体轮廓图

图2 两个鲤鱼品系多样性分布的比较分析

参考文献

Xu P, Zhang X, Wang X, et al. Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio[J]. Nature genetics, 2014, 46(11): 1212-1219.