单细胞外显子组万博意甲技术是在单细胞水平对基因组进行扩增之后对外显子组进行捕获富集,并进行高通量万博意甲的一项新技术。体外受精的胚胎、循环肿瘤细胞(CTC)、肿瘤亚细胞群以及免疫细胞的DNA水平研究常采用单细胞外显子组万博意甲技术。

源宜基因采用国际上领先的MALBAC单细胞全基因扩增技术、Roche NimbleGen /Agilent外显子组捕获试剂盒和Illumina Hiseq2500高通量万博意甲技术,为广大用户提供高品质服务。

技术路线

单细胞或微量样本分离 → 裂解反应 → MALBAC全基因扩增 → 质检 → 外显子捕获 → 万博意甲文库构建 → 文库质检 → 上机万博意甲 → 原始下机数据 → 生物信息分析

技术参数

样本要求
捕获平台
万博意甲策略
万博意甲深度
项目周期
样本类型:DNA
样本总量:≥1.5 μg
样本浓度:≥50 ng/µl

基于NimbleGen或Agilent平台的液相捕获芯片

HiSeq PE125
单基因病/复杂疾病:>50×
肿瘤:>100×
40个工作日

 

数据分析

标准分析内容
高级分析或个性化分析
数据产出统计及碱基质量评估;
去除低质量、污染及接头序列;
比对(万博意甲深度及覆盖度等分析);
SNV/Indel分析及在dbSNP数据库的注释;
SNV/Indel对应基因注释。

请与生物分析人员协商与沟通

 

应用领域

癌症研究、神经生物学、发育和产前基因诊断等。

 

相关案例

单细胞全基因组及外显子组万博意甲揭示乳腺癌克隆演变

研究人员对ER-/PR-/Her2-和ER+/PR+/Her2-两种分子亚型的乳腺癌患者成对采集肿瘤与正常组织样本,对肿瘤组织、肿瘤单细胞分别进行全基因组及外显子组万博意甲。结果表明,不同的乳腺癌亚型有各种各样变异的肿瘤;CNV在万博意甲结果中有很高的相似性,可以稳定传递给子代克隆;SNV在子代克隆过程中表现出多样性,在肿瘤细胞多次分裂增殖的过程中产生及积累的。数据分析表明两种分子亚型的肿瘤在突变率上存在差异。这一发现对乳腺癌的诊断和治疗具有重要意义。

图 1 基于单细胞外显子万博意甲的克隆进化分析

图 2 对三阴性乳腺癌的肿瘤样品进行单细胞及组织万博意甲后的变异结果

 

参考文献

Wang Y, Waters J, Leung M L, et al. Clonal evolution in breast cancer revealed by single nucleus genome sequencing[J]. Nature, 2014, 512(7513): 155-160.