简化基因组万博意甲是一种基于酶切技术、序列捕获芯片技术或其他实验手段降低物种基因组复杂程度,进而研究基因组各类遗传结构性变异的技术。常见的简化基因组技术包括RAD(Restriction site Associated DNA)和GBS(Genotyping By Sequencing)。简化基因组万博意甲技术不受参考基因组的限制,基于 SNPs 的分子标记技术性价比高、稳定性好,特别适合大样本量的分析。简化基因组万博意甲广泛应用于变异检测、群体进化、遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析和辅助 scaffold组装到染色体等方面的研究。

技术路线

技术参数

样品要求
万博意甲策略
项目周期
样品类型:DNA
样品总量:≥3ug
样品浓度:50ng/ul
万博意甲平台:HiSeq 2500 PE125
万博意甲深度:
建议组装样本≥5×;比对样本≥1×
45个工作日
(标准分析)

 

应用研究
万博意甲策略
数据分析
项目周期
遗传图谱
亲本:推荐万博意甲深度2-5×
子代:0.8×/个(F1、F2等临时性群体)、0.6×/个(RIL、DH等永久性群体)
群体大小:≥100个
遗传标记筛选
遗传图谱构建
QTL定位(结合表型数据)
根据项目的实际情况而定
群体进化
万博意甲深度:平均每个样本>5×,组装样本>30×
群体大小:每个亚群选取样本数量:动物>10个,植物≥15个;总体样本:≥30个
群体主成分分析
系统进化分析
群体遗传结构分析
选择消除分析
候选基因功能富集分析
GWAS研究
万博意甲深度:
建议组装样本≥5×;
比对样本≥1×
群体大小:≥300个

群体SNP筛选、统计与注释
群体系统进化分析
群体主成分分析
连锁不平衡分析
全基因组关联分析

相关案例

案例:维多利亚湖慈鲷的群体多态性研究

在世界鱼类中,慈鲷是进化最为成功的鱼种之一,遍布全球各大水域,共有约200属和超过2000种鱼种。研究人员以维多利亚湖丽鱼科慈鲷16个种(每个种9-12个个体)为材料,利用RAD技术对维多利亚湖慈鲷群体进行系统发育关系研究,用极大似然法构建了高分辨率的维多利亚湖慈鲷的进化树,这对其亲缘关系区分提供了有力证据。

慈鲷群体高分辨率的系统发生树

参考文献

Wagner C E, Keller I, Wittwer S, et al. Genome-wide RAD sequence data provide unprecedented resolution of species boundaries and relationships in the Lake Victoria cichlid adaptive radiation[J]. Molecular ecology, 2013, 22(3): 787-798.