全基因组重万博意甲是指在有参考基因组的情况下,对不同个体或群体进行全基因组万博意甲,并在个体或群体水平上进行比较分析。全面挖掘基因组水平的遗传变异(SNP、InDel和结构变异等)信息。 该技术能快速发现与人类疾病相关的重要致病基因或者易感基因,加快药物研发速度,并进行疾病临床诊断。

技术路线

样本DNA质检 → 文库构建 → 上机万博意甲 → 原始数据 → 高质量数据 → 标准分析 → 高级分析

技术参数

样品要求
万博意甲策略
万博意甲深度
项目周期
样品类型:DNA
样品总量:≥3ug
样品浓度:≥50ng/ul
HiSeq PE150
遗传病:30~50×
肿瘤:癌组织50×,癌旁组织30×
30-60个工作日

 

生物信息分析

基本数据分析
高级数据分析(单基因病)
数据质控:去除接头污染和低质量数据;
与参考序列进行比对、万博意甲深度及覆盖度统计;
SNP/InDel/SV/CNV检测、注释及统计;
基因注释分析等。
突变位点过滤
显 / 隐性遗传模式分析
候选基因功能注释
基因功能及通路分析
家系连锁分析
纯合子区域(ROH)分析
高级数据分析(复杂疾病)
高级数据分析(癌症)
 突变位点过滤
显 / 隐性遗传模式分析
候选基因功能注释
新生突变筛选及分析
候选基因功能富集
蛋白互作网络分析
易感基因筛查
已知驱动基因筛选
高频突变基因统计及通路富集分析
高频 CNV 分布及重现性分析
融合基因检测
肿瘤纯度/倍性分析

个性化分析请与生信分析人员沟通与协商

 

应用领域

癌症、遗传病、群体进化、药物基因组

相关案例

全基因组万博意甲揭示卵巢癌化疗抗性特征

研究人员对来自92个高级别浆液性卵巢癌(HGSC)患者的肿瘤和生殖系DNA样本进行了全基因组万博意甲。结果表明:在产生化疗抗性的个体中频繁检测到 CCNE1 基因突变,通过检测不同治疗阶段癌细胞的变异情况,发现频发的基因断裂使得肿瘤抑癌基因RB1、NF1、RAD51B 和PTEN失活,这是造成获得性化疗抗药性的重要原因。这种疾病的原发抗药性和难治性与 CCNE1放大有关。获得抗药性与多种不同机制有关,如生殖系BRCA1和BRCA2突变的逆转、BRCA1启动子甲基化的丧失以及药物外排泵MDR1的过度表达等。卵巢癌的适应性和异质性表明,防治卵巢癌可能需要多种方法联合使用。

图1 HGSC基因组结构性变异图谱

图2 产生化疗抗性的个体样本中体突变的数量及频率

参考文献

Patch A-M, Christie E L, Etemadmoghadam D, et al. Whole genome characterization of chemoresistant ovarian cancer[J].Nature, 2015, 521: 489-494.